Половозрелости шишкохвостые гекконы достигают в возрасте примерно 9 месяцев. У самцов в основании хвоста развивается хорошо заметная генитальная сумка. Молодых самок не следует допускать к размножению, кладки в раннем возрасте содержат в себе большое количество неоплодотворенных яиц. Непосредственно перед размножением проводят 4-6 недельную подготовку, с понижением температуры и прекращением кормления (кормежку следует прекратить уже за 2 недели перед началом подготовительного периода).
По окончанию подготовительного периода повышают температуру и начинают кормить производителей. После того как у самки пройдет первая линька ее пересаживают к самцу. Через 2 дня после первой копуляции нужно снова ссадить гекконов для увеличения вероятности оплодотворения яйцеклеток. Яйца откладываются на 30-40 день после спаривания. Для этого в террариум к самке помещают контейнер размером 28х14х21 см, заполненный влажным песком. Инкубация проходит при температуре 26-280C в течении 56-72 дней. Температура инкубации не влияет на соотношение полов будущих гекконов.