Линька у ящериц управляется гормональной системой, однако и другие факторы (возраст, температура, влажность и состояние здоровья ящерицы) имеют значение. Некоторые ящерицы линяют полностью как змеи (сцинки), однако большинство сбрасывает свою старую кожу лоскутами и иногда на одном животном можно наблюдать две линьки одновременно. Гекконы стягивают старую кожу ртом и поедают ее.
Чаще всего линька у ящериц проходит без осложнений. Однако, при нарушениях обмена веществ и при недостаточной влажности воздуха остатки кожи остаются на пальцах конечностей и кончике хвоста. При высыхании они настолько сильно сжимают эти органы, что они отмирают и отсыхают. Поэтому такие остатки кожи должны размягчаться в умеренно теплой воде и осторожно удаляться,
Длинные и острые когти являются типичными для многих ящериц. Однако если они становятся из-за неправильно выбранной подстилки слишком длинными или даже закрученными, их необходимо подрезать так, чтобы не повредить их участок, снабжаемый кровью.
При длительном воздержании от пищи обезвоживание наступает, прежде всего, у маленьких ящериц. В таких случаях искусственное кормление более не показано. В террариуме необходимо повысить влажность воздуха и вводить жидкость ящерице перорально и парентерально.
Если одна из ящериц постоянно притесняется другими ящерицами одного вида или находится в состоянии подчиненности, в террариуме необходимо обеспечить для нее убежище или забрать ящерицу из террариума. При совместном содержании различных видов ящериц каждый вид должен иметь свою собственную природную нишу, убежище. В ином случае возникает стрессовая ситуация. Находящиеся в состоянии стресса ящерицы более подвержены заболеваниям. Часто они отказываются от еды и быстро худеют.